Para que se origine cualquier tipo de lesión de caries es necesario que confluyan en el individuo tres factores. Éstos están claramente diferenciados en el conocido diagrama de Keyes y son: bacterias patógenas, sustrato y susceptibilidad del huésped, influyendo también el factor tiempo.
Las lesiones de la caries de biberón tienen su origen en la ingesta prolongada de líquidos que contienen sacarosa, a menudo en forma de jarabes o biberón. La causa principal es la presencia durante tiempos prolongados de un biberón que contiene leche u otro líquido con hidratos de carbono, sobretodo durante el sueño.
La leche, tanto bovina como materna, tiene baja cariogenicidad, pero algunos autores piensan que los radicales ácidos producidos en la metabolización de la lactosa presente en la leche pueden desmineralizar el esmalte dental.
La caries del lactante es una enfermedad incuestionablemente inducida, ya que el biberón se le da al niño para inducirlo a que se duerma cuando conviene a los padres. Cuando el niño se toma el biberón, la tetina se apoya contra el paladar mientras la lengua (que está en contacto con los labios, cubriendo a los incisivos inferiores), en combinación con los carrillos, fuerza el contenido hacia la cavidad bucal.
Cuando el niño se adormece hasta finalmente dormirse, la velocidad de deglución disminuye, al igual que la secreción y flujo salivar. De esta forma, la leche en la boca forma una colección estancada que baña los dientes, excepto los anteroinferiores ya que como la lengua se mantiene en contacto con los labios impide que se acumule la leche a su alrededor.
Durante este periodo se forman ácidos que continuamente producen desmineralizaciones en el esmalte. Si este proceso se repite con frecuencia lleva a la aparición de caries.
El hábito de succión de biberón puede ser nocturno (el más frecuente) o diurno, y eso determina patrones distintos de afectación.
En el patrón diurno se afectan todos los dientes inferiores excepto los incisivos (por acción protectora de la lengua) y las caras oclusales de los dientes posteriores.
Además del biberón y chupete, hay otros factores que pueden influir en la aparición de este tipo de caries como son: la lactancia materna prolongada, la actividad muscular orofacial, la frecuencia y duración del hábito, las alteraciones estructurales de los tejidos duros dentales, la capacidad tampón y cantidad de la saliva del niño y la respiración oral.