Los estrógenos pueden producir náuseas, pérdida de apetito, diarrea, vómitos, mareos, dolores de cabeza, molestias en las mamas, retención de líquido y aumento del peso. En ocasiones los estrógenos pueden producir elevación de la tensión arterial y de los niveles de glucosa en la sangre.
Los estrógenos favorecen la coagulación de la sangre. Por ello, el empleo de algunos preparados como los anticonceptivos orales aumenta el riesgo de padecer enfermedad tromboembólica, es decir, favorece la formación de coágulos sanguíneos dentro de los vasos y sus consecuencias, tales como la tromboflebitis y el tromboembolismo.
Algunos investigadores han encontrado que el uso de estrógenos se asocia a un aumento de la incidencia de tumores de endometrio. Por ello, los estrógenos deben emplearse siempre en combinación con gestágenos en mujeres que conservan el útero después de la menopausia. Algunos estudios han sugerido también una mayor incidencia de tumores de mama, aunque esta es una cuestión muy debatida y sobre la que hoy en día se sigue investigando.
Los estrógenos deben emplearse con precaución en pacientes con historia de enfermedad cardíaca, renal o hepática y con trastornos de la vesícula biliar. Por estas razones, antes de iniciar tratamiento con estrógenos, una mujer debe ser informada de los beneficios y los riesgos, y debe hacerse una valoración individual de cada caso.
Los andrógenos pueden producir masculinización si se usan en mujeres y trastornos del crecimiento si se emplean en niños. Cuando se emplea en varones con hipogonadismo la testosterona se tolera muy bien. Puede producir algunos efectos indeseables, como retención de líquido, acné, ginecomastia (crecimiento de las mamas) y cambios molestos en el deseo sexual. También pueden empeorar una enfermedad prostática previa, aumentar del número de glóbulos rojos y producir alteraciones del sueño. Los parches transcutáneos pueden producir irritaciones de la piel. Algunos andrógenos orales (los llamados agentes 17-alquilados) pueden producir lesiones hepáticas. No deben emplearse andrógenos en pacientes con cáncer de próstata