En los pacientes con enfermedad de Crohn, la inflamación del intestino suele ser severa y puede afectar a todas las capas de la pared del tubo digestivo. Puede afectar a cualquier parte del intestino delgado, colon y recto. Suele producir una afectación parcheada del intestino. Es decir, se alternan áreas de intestino inflamadas (afectas por la enfermedad) con otras completamente normales (sanas).
Los síntomas más típicos de la enfermedad de Crohn son el dolor abdominal, la diarrea, el cansancio o astenia, la fiebre y la pérdida de peso.
Esta enfermedad puede asociarse con síntomas ajenos al tubo digestivo, entre los que convendría destacar los dolores en las articulaciones o en la espalda, las lesiones en la piel y en los ojos. La aparición de estos síntomas se suele asociar con las fases en que la enfermedad está en brote (enfermedad activa).
La enfermedad de Crohn es una enfermedad crónica, con fases en las que el paciente no presentará ningún síntoma (fase asintomática) y con periodos en los que la enfermedad se reactivará (fase de brote) y presentará los síntomas explicados anteriormente. El número de brotes que va a presentar un paciente con enfermedad de Crohn a lo largo de su vida, o el momento en que va a entrar en fase de actividad no se pueden determinar a priori. Hay pacientes que presentarán un único brote de su enfermedad a lo largo de su vida, mientras que otros pacientes presentarán múltiples fases de reagudización de su enfermedad.